H.pylori eradikācijas shēmas optimizācija masveida kuņģa vēža prevencijas pasākumiem

Projekta nosaukums: „H.pylori eradikācijas shēmas optimizācija masveida kuņģa vēža prevencijas pasākumiem”

Projekta līguma numurs: ID Nr. 1.1.1.1/18/A/184

LU reģ. Nr. ESS2019/317

Projekta īstenotāji:

Projektu īsteno Latvijas Universitātes Klīniskās un profilaktiskās medicīnas institūts sadarbībā ar projekta partneriem Jēkabpils Reģionālo Slimnīcu un SIA "Latvia MGI Tech”.

Projekta īstenošanas termiņš: 01.04.2019-21.03.2022

Projekta kopējais finansējums:   648 648, 00 EUR

LU finansējuma daļa: 388 648,00 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: prof. Mārcis Leja

Projekta administratīvais vadītājs: Līga Grantiņa

Projekta mērķis: Pētīt plaša spektra antibiotiku lietošanas radīto draudu samazināšanas iespējas Latvijas sabiedrībā, radīt jaunas zināšanas tautsaimniecības konkurētspējas uzlabošanai un veicināt zinātnes un tehnoloģijas cilvēkkapitāla attīstību.

Projekta galvenie rezultāti:

Projekta zinātniskie rezultāti ļaus uzlabot H.pylori infekcijas ārstēšanu, analizējot terapijas ietekmi uz kuņģa-zarnu trakta (KZT) mikrofloru (mikrobiomu). Šie rezultāti būs vērtīgi gan Latvijas, gan globālā mērogā – sevišķi valstīs ar augstu kuņģa vēža izplatību.

Plānots sagatavot un publicēt 3 oriģinālas zinātniskas publikācijas starptautiski recenzētos žurnālos, prezentēt 7 tēzes kongresos; iesaistīt 3 studentus, tai skaitā - 2 PhD studentus; kā arī veidot 1,55 jaunas darbavietas PLE izteiksmē kas tiks saglabātas pēc projekta īstenošanas laika.

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 2. kārtas ietvaros. Projekts ir ar saimniecisko darbību nesaistīts un atbilst Medicīniskas biotehnoloģijas nozarei.

Projekta aktualitātes:

1.aprīlis– 30.jūnijs, 2019. gads. Šajā periodā tika veikti sagatavošanās darbi pētījumā plānoto darbību uzsākšanai – sagatavotas telpas Jēkabpils GISTAR centra izveidošanai, rekrutēts centra darbībai nepieciešamais personāls, sagatavoti iepirkumu dokumenti, sagatavots paraugu sekvencēšanas laika plāns, aktualizēts pētījuma protokols un veiktas citas nepieciešamās  sagatavošanās darbības. Projekta sagatavošanas darbi veikti ciešā sadarbībā ar projekta partneriem, tiekoties gan klātienē, gan nodrošinot attālinātu komunikāciju.

Projektā paveiktais līdz 30.07.2021.

28.07.2021.
Pētījumā ir savākti dati par iekļautajiem dalībniekiem četrās terapiju grupās. Pētījuma ietvaros, izsniedzot eradikācijas terapiju, H. pylori infekcija tika izārstēta gandrīz 200 pētījuma dalībniekiem. Pašlaik notiek datu apstrāde, lai veiktu efektivitātes un blakusparādību salīdzinājumu pacientu grupās. Paralēli notiek pacientu zarnu mikrobioma salīdzinājums atkarībā no pielietotā terapijas veida.

Īstenojot projekta uzdevumus, sadarbības partneris SIA “Latvia MGI Tech” ir veicis pilna metagenoma sekvencēšanu respondentu zarnu trakta mikrobioma paraugiem, kas tika savākti projekta laikā Jēkabpils pētījumu centrā. To starpā ir pārstāvētas gan kontroles, gan H.pylori eradikācijas terapiju grupas pirms un 7-14 mēnešus pēc terapijas pabeigšanas. Iegūto sekvenču datu kopu apstrādei ir noslēgts līgums ar RTU HPC centru, kā rezultātā ir iegūta piekļuve jauniem resursiem un attīstītas kompetences darbā ar augstas veiktspējas skaitļošanas centriem. Lielapjoma paralēlai mikrobioma sekvenču datu kopu primārajai apstrādei ir adaptēta, pārbaudīta un optimizēta bioinformātikas darbplūsma (STAG-mwc) lietošanai iekš HPC centra. Darbplūsmā tiek izmantota atvērtā koda programmatūra (fastp, kraken2, bracken, AmrPlusPlus u.c.), kā arī vairākas brīvpieejas references datubāzes (MEGARes, refseq) mikroorganismu un antibiotiku rezistenci izraisošo gēnu identificēšanai un klasificēšanai.

Visām iegūtajām sekvenču datu kopām ir pabeigta primārā apstrāde un turpinās darbs pie sekundārās statistiskās analīzes ar mērķi noskaidrot, kāda ir dažādu H.pylori eradikācijas terapiju ietekme uz zarnu mikrobiomu un vai ir novērojamas korelācijas ar citiem faktoriem. Balstoties uz jau iegūtajiem rezultātiem, tiek gatavota publikācija.

16.10.2021.

Projekta ietvaros profesors Mārcis Leja piedalījās zinātniskajā konferencē “40 zinātnes gadi nākotnei jeb vēža prevencija ir efektīva un pieejama” Beļģijā.

16.10.2021. Beļģijā, Elzart, kas netālu no Briseles, ar zinātnisku konferenci klātienē un virtuālajā telpā tika atzīmēta Eiropas Vēža prevencijas organizācijas (ECP-European Cancer Prevention)  40-gadu jubileja, ka arī šīs organizācijas veidotā žurnāla (European Journal of Cancer Prevention) 30-gadu jubileja.

Organizācija izveidota 1981. gadā ar mērķi apvienot Eiropas zinātniekus vēža prevencijas pētījumos, kā arī nodrošināt Eiropas pētnieku vadošo vietu pasaulē šajā jomā; būtiska uzmanība tikusi pievērsta sabiedrības informēšanai.

Projekta vadītājs Mārcis Leja ziņoja par GISTAR pētījuma norisi, kas šobrīd norisinās ERAF projekta nr. 1.1.1.1/18/A/184 “H.pylori eradikācijas shēmas optimizācija masveida kuņģa vēža prevencijas pasākumiem” ietvaros. Viņš pastāstīja arī par projektu kuņģa vēža mirstības mazināšanai, kas pieteikts Eiropas Komisijas atbalstītajai GAIA-X projekta Veselības platformai. Itālijas (Milāna) profesors Carlo La Vecchia ziņoja par starptautisko sadarbību dažādu pētījumu datu apkopošanas konsorcijā StOP ar mērķi analizēt kuņģa vēža riska faktorus; šajā konsorcijā piedalās arī Latvijas pētnieki. Turpmākajās neformālajās sarunās viens no ECP dibinātājiem, prof. Alain Maskens (Beļģija) uzteica Latvijā paveikto, kā arī StOP projektā sasniegto, izceļot šos rezultātus ka ECP centienus daudzu gadu garumā.

20.10.2021.

Analizējot pētījumā iegūtos datus, Latvijas Universitātes Klīniskās un profilaktiskās medicīnas institūta zinātniskā asistente Olga Sjomina kopā ar projekta pētnieku komandu ir sagatavojusi zinātnisko publikāciju ar nosaukumu “Randomizēts šķērsgriezuma pētījums: Standarta trīskāršās terapijas un augsto devu amoksicilīna un bismuta terapijas efektivitātes un blakņu salīdzinājums Helicobacter pylori eradikācijā”/ “Randomised clinical trial: comparison of efficacy and adverse effects of a standard triple clarithromycin-containing regimen with high-dose amoxicillin and bismuth therapy in Helicobacter pylori eradication.”

Tā ir akceptēta iekļaušanai vienā no nākamajiem žurnāla “European Journal of Cancer Prevention” laidieniem.

10.12.2021.
Pasaules gastroenterologu kongresā šodien tiek prezentēti LU KPMI projekta dati

No 9. līdz 11.decembrim Prāgā (Čehijā) norisinās Pasaules Gastroenteroloģijas organizācijas (World Gastroenterology Organisation - WGO) un Čehijas Gastroenteroloģijas biedrības (Česká gastroenterologická společnost - ČGS) kopīgi rīkotais kongress “GASTRO 2021 Prāga” (GASTRO 2021 Prague). Tas notiek hibrīda formātā (gan klātienē – epidemioloģiski drošā vidē, gan attālināti).

Šodien, 10. decembrī, Latvijas Universitātes (LU) Klīniskās un profilaktiskās medicīnas institūta (KPMI) doktorante Olga Sjomina prezentē LU KPMI ERAF projekta Nr. 1.1.1.1/18/A/184 “H.pylori eradikācijas shēmas optimizācija masveida kuņģa vēža prevencijas pasākumiem” datus.

Projekta mērķis ir kuņģa vēža izraisītās mirstības samazināšana, veicot H.pylori eradikāciju un nosakot pepsinogēnu līmeni, kas ļautu savlaicīgi atklāt paaugstinātu gremošanas trakta audzēju risku.

21.01.2022.
Projekta dalībnieki iesnieguši tēzes Starptautiskā zinātniskās medicīnas konferencē

2022. gada 25.- 26. martā notiks Latvijas Universitātes Starptautiskās zinātniskās medicīnas konference. Konferencei, medicīnas un veselības zinātnes sekcijā, tēzes ir iesnieguši pieci projekta “H.pylori eradikācijas shēmas optimizācija masveida kuņģa vēža prevencijas pasākumiem” dalībnieki par šādām tēmām:

• The Use of Shotgun Metagenomic Sequencing for Detection of H. Pylori Pre- and Post-Eradication: Bioinformatics Feasibility Assessment, autori Vangravs Reinis, Čivkulis Kristaps, Ļeonova Elīna, Dauss Edgars, Poļaka Inese, Sjomina Olga, Leja Mārcis;
• Evaluation of Dietary Habits of Jekabpils Inhabitants: Adherence to Nordic Diet and Association With Helicobacter Pylori Infection, autori Jurkevica Ineta, Daugule Ilva, Kojalo Ilona, Poļaka Inese, Paršutins Sergejs, Leja Mārcis, Šantare Daiga;
• Addition of Saccharomyces Boulardii to Standard Triple Therapy in Eradication of H. pylori: Comparison of Adverse Events and Effectiveness, autori Sjomina Olga, Suhorukova Jekaterina, Rūdule Aiga, Vangravs Reinis, Paršutins Sergejs, Poļaka Inese, Daugule Ilva, Stonāns Ilmārs, Park Jin Young, Leja Mārcis.

31.03.2022. 
Noslēdzoties kuņģa vēža prevencijai veltītam projektam, starptautiskā konferencē prezentēti tā rezultāti

Ar dalību 2022. gada Latvijas Universitātes Starptautiskajā zinātniskajā medicīnas konferencē noslēdzies LU KPMI ERAF projekts Nr. 1.1.1.1/18/A/184 “H.pylori eradikācijas shēmas optimizācija masveida kuņģa vēža prevencijas pasākumiem”. Konferencē projektā sasniegtos rezultātus prezentēja zinātniskie asistenti Olga Sjomina un Reinis Vangravs:

• Sjomina Olga, Suhorukova Jekaterina, Rūdule Aiga, Vangravs Reinis, Paršutins Sergejs, Poļaka Inese, Daugule Ilva, Stonāns Ilmārs, Park Jin Young, Leja Mārcis – "Addition of Saccharomyces Boulardii to Standard Triple Therapy in Eradication of H. pylori: Comparison of Adverse Events and Effectiveness”.
• Vangravs Reinis, Čivkulis Kristaps, Ļeonova Elīna, Dauss Edgars, Poļaka Inese, Sjomina Olga, Leja Mārcis – "The Use of Shotgun Metagenomic Sequencing for Detection of H. Pylori Pre- and Post-Eradication: Bioinformatics Feasibility Assessment”.

Projekta laikā ir izdevies paveikt iecerēto un iegūt kvalitatīvus datus. Veicot projekta laikā iegūto datu analīzi, projekta komanda ir sagatavojuši piecus zinātniskos rakstus, no kuriem trīs ir jau publicēti un divi ir iesniegti un gaida apstiprināšanu publicēšanai:

1. "Early detection of gastric cancer beyond endoscopy - new methods"  Best Practice & Research Clinical Gastroenterology, Volumes 50–51, March–April 2021, 101731, https://doi.org/10.1016/j.bpg.2021.101731
2. Sjomina et al., "Randomised clinical trial: comparison of efficacy and adverse effects of a standard triple clarithromycin-containing regimen with high-dose amoxicillin and bismuth therapy in Helicobacter pylori eradication", 'European Journal of Cancer Prevention', https://journals.lww.com/eurjcancerprev/toc/publishahead
3. Sabine Skrebinska et.al., “Who Could Be Blamed in the Case of Discrepant Histology and Serology Results for Helicobacter pylori Detection?”, https://www.mdpi.com/2075-4418/12/1/133/htm
4. Razuka-Ebela Danute et.al., “Factors associated with false negative results in serum pepsinogen testing for precancerous gastric lesions in a European population in the GISTAR study”, iesniegta publicēšanai 31.03.2022 žurnālā “Diagnostics”
5. Vangravs Reinis et.al., “Clarithromycin-containing triple therapy for H. pylori eradication is inducing increased long-term gut resistome”, iesniegta publicēšanai 31.03.2022 žurnālā “Alimentary Pharmacology and Therapeutics”