Akadēmiskais centrs
Projekta nosaukums: „H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai feču paraugos”
Projekta līguma numurs: 1.1.1.1/16/A/272
Projekta partneri: Projektu īsteno Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs sadarbībā ar Latvijas Universitātes Klīniskās un profilaktiskās medicīnas institūtu
Projekta īstenošanas termiņš: 2017. gada 1. marts - 2020. gada 29. februāris
Projekta kopējais finansējums: 648 648, 00 EUR
LU finansējuma daļa: 284 324,00 EUR
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. Dāvids Fridmanis (BMC),
Dr. Ģirts Šķenders (LU KPMI)
Projekta administratīvais vadītājs: Līga Grantiņa
Projekta mērķis: Rūpnieciska pētījuma ietvaros, novērtēt H.pylori eradikācijas ilgtermiņa ietekmi uz kuņģa zarnu trakta (GIT) mikrobiomu, izprast tās ietekmi uz paplašināta spektra b-laktamāzes (ESBL) kodējošo gēnu dažādību un izplatību un radīt izmaksu efektīvu ESBL skrīninga testa prototipu. Projekta izpildes gaita iegūtie rezultāti uzlabos mūsu izpratni par antibiotiku ilglaicīgo ietekmi uz kuņģa zarnu traktu un antibiotiku rezistences izplatību, kā arī veicinās Latvijas H.pylori eradikācijas stratēģijas izstrādi
Projekta galvenie rezultāti: Trīs oriģināli zinātniskie raksti, kas tiks iesniegti publicēšanai SCOPUS datubāzēs iekļautos žurnālos vai konferenču rakstu krājumos, un vienas jaunas diagnostikas metodes – izmaksu efektīva ESBL skrīninga testa prototipa, radīšana.
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros. Projekts ir ar saimniecisko darbību nesaistīts un atbilst Medicīniskas biotehnoloģijas nozarei.
Projekta aktualitātes:
1. janvāris līdz 29. februāris, 2020. gads. Noslēdzošajā projekta posmā , sadarbībā ar Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, tika sagatavotas 2 zinātniskās publikācijas: (1) Lack of significant differences between gastrointestinal tract microbial population structure of Helicobacter pylori infected patients before and two years after a single eradication event (2) “Effect of the Helicobacter pylori first line eradication regimen on the abundance of extended-spectrum beta-lactamase coding gene levels “, kuras tika iesniegtas Journal of Medical Microbiology un Helicobacter zinātniskajos izdevumos. Paralēli tiek gatavotas noslēdzošās atskaites un plānoti turpmākie pētniecības projekti.
1. oktobris līdz 31. decembris, 2019. gads. Šajā posmā tika veikta projekta laikā iegūto eksperimentālo datu apkopošana, izveidotās skrīninga sistēmas optimizācija, atbilstoši projekta mērķim un atbilstošu zinātnisko rakstu sagatavošana, sadarbojoties ar projekta vadošo partneri - Biomedicīnas pētījumu un studiju centru. Projekta laikā iegūtās zināšans tika prezentētas "International Conference on Genomics & Pharmacogenomics" & "International Conference on Human Genetics and Genetic Disorders" apvienotājā konferencē , izklāstot nozīmīgākās atziņas potenciālajiem nākotnes sadarbības partneriem.
1. jūlijs līdz 30. septembris, 2019. gads. Šajā laika periodā tika veikta validācijas paraugkopas eksperimentālā analīze, ar mērķi pārliecināties par izveidotās skrīninga sistēmas kvalitāti un nepieciešamības gadījumā to optimizētu, lai pielietotu kliniskajām vajadzībām. Iegūtie dati vēl tiek analizēti un salīdzināti ar sekvencēšanas iegūtajiem rezultātiem. Atbilstoši projekta plānam, tiek veikta pacientu biomateriāla kolekcijas izveidošana Rīgas Austrumu klīniskās universitātes slimnīcas biobankā, turpmāko projektu realizācijai. Paralēli tiek turpināts darbs pie zinātniskā raksta sagatavošanas par eksperimentālās paraugkopas raksturojošajiem parametriem un pētījuma gaitā iegūtajiem rezultātiem.
1. aprīlis – 30. jūnijs, 2019. gads. Projekta realizācija, pēdējo trīs mēnešu laika posmā, sadarbojoties ar projekta vadošo partneri – Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, turpinās atbilstoši plānam. Ir veikta validācijas paraugkopas atlase, kurai tiks veikta 16s rRNS gēna V3 reģiona un ESBL gēnu sekvencēšana, izstrādātās analīzes sistēmas kvalitātes kontrolei. Eksperimentālās datu kopas iegūtie rezultāti ir apkopoti un ir secināts, ka cilvēka zarnu trakta mirkobioms divu gadu periodā atjaunojas un netiek novērotas statistiski būtiskas izmaiņas, salīdzinot, pirms un pēc eradikācijas paraugkopas. Arī ESBL gēnu analīze neatklāja jaunus, rezistenci veicinošos gēnus vai būtisku ESBL gēnu ekspresijas paaugstināšanos pēc eradikācijas biomateriālā. Tiek aktīvi strādāts, lai iegūtos datus apkopotu zinātniskajā rakstā, kur tiek iesaistīti visi projekta realizācijā iesaistītie partneri, regulāri veicot zinātnisko grupu sanāksmes.
1.janvāris – 30.aprīlis, 2019. gads. Šajā periodā, atbilstoši projekta izstrādātajam plānam, tika turpināts darbs ar iegūto datu analīzi un apkopošanu, iekļaujot intensīvu pieejamās literatūras analīzi. Ir uzsākts darbs ar validācijas paraugkopas atlasi, lai novērtētu izveidotās ESBL gēnu platformas kvalitāti un atjaunoto 16S rRNS datu analīzes sistēmu. Iegūto rezultātu apstrādes process regulāri tiek diskutēts projekta sanāksmēs ar projekta vadošajiem partneriem, daloties idejās un pieredzē.
1.novembris – 31.decembris, 2018. gads. Šajā periodā projektā tika aktīvi turpināta eksperimentālajā darba gaitā iegūto datu analīze, ESBL gēnu raksturošana un identifikācija eksperimentālajā paraugkopā. Atbilstoši jaunpieejamajiem sekvencēšanas datu rīkiem, veikti uzlabojumi antibakteriālās 16S rRNS izstrādātajā analīzes sistēmā. Paralēli veikta literatūras analīze, salīdzinot citu autoru iegūtos rezultātus antibakteriālās terapijas efekta novērtēšanā uz zarnu trakta mikrobiomu, jauniegūtā informācija regulāri tiek diskutēta projekta sanāksmēs ar projekta vadošajiem partneriem.
1.augusts – 31.oktobris, 2018. gads. 01.08.2018-31.10.2018. Projekta īstenošana turpinās atbilstoši projekta darbības plānam, kur pēc iegūto sekvencēšanas datu analīzes, kas rezultējās ar iespējamām hipotēzēm par kombinētās antimikrobiālās terapijas ilgtermiņa efektiem uz zarnu trakta mikrobiomu, eksperimentālajā paraugkopā tiek aktīvi analizēti un raksturoti ESBL (plaša spektra β-laktamāzes) gēni, salīdzinot pirms un pēc eradikācijas paraugkopas. ESBL gēnu raksturošana papildinās jau sekvencēšanas analīzē iegūtos datus par pētījumā iesaistītajām paraugkopām. Pētījuma realizācija tiek veikta sadarbībā ar Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, kur tiek organizētas projekta partneru sanāksmes, apspriežot jauniegūtos rezultātus un pānojot turpmākās darbības."
1.maijs – 31.jūlijs, 2018. gads. Atbilstoši projekta darba plānam pēdējo trīs mēnešu periodā, sadarbojoties ar projekta vadošo partneri – Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, ir veikta sekvencēšanas datu analīze, savstarpēji salīdzinot pirms un pēc eradikācijas paraugkopas (ģenētiskais materiāls no 120 fēču paraugiem). Analīzes gaitā ir iegūta nozīmīga informācija par paraugkopu raksturojošajiem parametriem, zarnu trakta mikrobioma kompozīciju un daudzveidību, un identificētas iespējamās Helicobacter pylori kombinētās antibakteriālās terapijas inducētās izmaiņas zarnu trakta mirobiomā. Ir izstrādāta ESBL gēnu kvantificēšanas metodoloģija un tiek turpināta ESBL gēnu identificēšana eksperimentālajā datu kopā. Iegūtie rezultāti projekta realizācijas gaitā tiek apspriesti regulārās projekta partneru sanāksmēs. Šajā projekta darbības periodā projekta dalībniece Dārta Pūpola ir izstrādājusi un izcili aizstāvējusi maģistra darbu, kurā ir reprezentēti līdz šim galvenie projektā iegūtie rezultāti.
1. februāris - 30. aprīlis, 2018. gads. Projekta realizācija turpinās atbilstoši projekta darbības plānam – ir izdalīts mikrobioma ģenētiskais materiāls no 120 fēču paraugiem, kas iegūti no pētījuma dalībniekiem, kuri saņēmuši H.pylori eradikācijas terapiju ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu. Sadarbojoties ar projekta vadošo partneri - Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, ir veikta izdalītā ģenētiskā materiāla sekvencēšana, lai novērtētu H.pylori eradikācijas kursa ilgtermiņa ietekmi uz zarnu trakta mikrobioma taksonomisko sastāvu un identificētu dažādus paplašināta spektra beta laktamāžu (ESBL) gēnus. Pašlaik notiek sekvencēšanas datu analīze un ESBL gēnu identificēšana, Tiek organizētas regulāras projekta partneru sanāksmes, lai izvērtētu projektā iegūtos rezultātus un plānotu tālākās darbības mērķu sasniegšanai.
1. novembris 2017. gads - 31. janvāris 2018. gads. Projekta realizācija turpinās atbilstoši projekta darbības plānam – ir nokomplektēta izlases paraugu kopa, iesaistot pacientus, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta antibiotiku kursu. Sadarbojoties ar projekta vadošo partneri - Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, ir veikta izdalītā ģenētiskā materiāla kvalitātes rādītāju analīze un paraugu amplificēšana atbilstoši izstrādātajiem protokoliem. Sekojoši veikta izlases paraugu kopas ģenētiskā materiāla sekvencēšana, lai novērtētu H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgās ietekmes uz zarnu trakta mikrobiomu un dažādu paplašināta spektra beta laktamāžu (ESBL) gēnu identificēšanu. Tiek organizētas regulāras projekta partneru sanāksmes projektā iegūto rezultātu novērtēšanai un tālāko projekta darbību plānošanai.
1. augusts – 31. oktobris, 2017. gads. Projekta īstenošana turpinās atbilstoši projekta darbības plānam – ir papildināta izlases paraugu kopa, iesaistot 60 pacientus, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu. Sadarbojoties ar projekta vadošo partneri - Biomedicīnas pētījumu un studiju centru, ir veikti priekšdarbi paraugu sekvencēšanas uzsākšanai, nosakot izdalītā ģenētiskā materiāla kvalitātes rādītājus. Pozitīva rezultāta gadījumā tika veikta paraugu amplificēšana, lai sekojoši veiktu H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgās ietekmes novērtēšanu uz zarnu trakta mikrobiomu un dažādu ESBL gēnu identificēšanu. Notikušas vairākas projekta partneru sanāksmes projektā iegūto rezultātu novērtēšanai un tālāko projekta darbību plānošanai.
1. maijs - 31. jūlijs, 2017. gads. Atbilstoši projekta darbības plānam, ir uzsākta eksperimentālās paraugu kopas izveidošana, iesaistot pacientus, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu. Sekojoši, radīta izlases kopa H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgās ietekmes novērtēšanai uz zarnu trakta mikrobiomu un dažādu ESBL gēnu identificēšanai. Paraugi tiek savākti izmantojot standartizētus fēču slēpto asiņu testēšanas stobriņus, no kuriem , izmantojot iepriekš optimizētu DNS izdalīšanas metodiku, tiek izdalīts ģenētiskais materiāls. Paralēli ir organizētas regulāras projektā iesaistīto partneru un darbinieku sanāksmes, lai pārrunātu līdz šim iegūtos rezultātus un plānotu projekta tālāko darbības gaitu.
21.-24. aprīlis, 2017. gads. Projekta zinātniskais vadītājs no LU puses - Ģirts Šķenders, no 21. līdz 24.aprīlim piedalījās Eiropas Klīniskās un infekciju slimību biedrības ikgadējā konferencē Vīnē, Austrijā, kas ir lielākā Eiropas starptautiskā konference veltīta mikroorganismu nozīmei cilvēka veselībā.
Konferencē tika gūta projekta īstenošanai būtiska informācija par antimikrobiālās rezistences noteikšanas paņēmieniem un paplašināta spektra beta laktamāžu (ESBL) kodējošo gēnu izplatībās detekciju, kā arī par plazmīdu transfēra ietekmi uz ESBL izplatību starp mikroorganismu sugām.
Konferences laikā tika savākta informācija par pētījumos pielietojamās paraugu savākšanas ierīču iespējamiem efektiem uz mikrobioma taksonomisko grupu dažādības noteikšanu un metagenoma analīzi.
Ar iespējamiem sadarbības partneriem tika pārrunāts esošā projekta izmantojamo tehnoloģiju attīstīšanas iespējas mikrobiomā esošo ESBL analizēšanai.
1. marts - 30. aprīlis, 2017. gads. Pirmo divu mēnešu projekta darbības periodā ir sagatavots un iesniegts pieteikums par pētījuma "H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai fēču paraugos" izvērtēšanu Rīgas Austrumu klīniskās universitātes slimnīcas atbalsta fonda Medicīnisko un biomedicīnisko pētījumu Ētikas komitejai, kura sniegusi pozitīvu vērtējumu.Izveidota sākotnējās izlases paraugu kopa – tika savākti 20 paraugi no cilvēkiem, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu, kā arī savākti atbilstoši paraugi un radīta izlases kopa DNS izdalīšanai un DNS sekvencēšanas metodes attīstības mērķiem. Rezultātā tika atstrādāta DNS iegūšanas metodika no standartizētiem fēču slēpto asiņu testēšanas stobriņos savāktiem paraugiem.
1. marts - 30. aprīlis, 2017. gads. Pirmo divu mēnešu projekta darbības periodā ir sagatavots un iesniegts pieteikums par pētījuma "H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai fēču paraugos" izvērtēšanu Rīgas Austrumu klīniskās universitātes slimnīcas atbalsta fonda Medicīnisko un biomedicīnisko pētījumu Ētikas komitejai, kura sniegusi pozitīvu vērtējumu.Izveidota sākotnējās izlases paraugu kopa – tika savākti 20 paraugi no cilvēkiem, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu, kā arī savākti atbilstoši paraugi un radīta izlases kopa DNS izdalīšanai un DNS sekvencēšanas metodes attīstības mērķiem. Rezultātā tika atstrādāta DNS iegūšanas metodika no standartizētiem fēču slēpto asiņu testēšanas stobriņos savāktiem paraugiem.