Akadēmiskais centrs
Projekta nosaukums: Zarnu iekaisums kā potenciāli modificējams 1 tipa cukura diabēta komplikāciju riska faktors
Projekta līguma numurs: 1.1.1.2/VIAA/3/19/525 Projekta sadarbības partneri: Latvijas Biomedicīnas Pētījumu un studiju centrs, Institute of Genetics, Folkhalsan Research Center
Projekta īstenošanas termiņš: 1.04.2020-31.03.2023
Projekta kopējais finansējums, LU daļa: 133805,88 EUR, LU daļa 5 % – 6690,31 EUR
Projekta mērķis: novērtēt asociāciju starp zarnu iekaisuma marķieriem fēcēs, iekaisuma marķieriem serumā un diētas faktoriem pacientiem ar 1. tipa cukura diabētu un dažādu diabētiskās nefropātijas attīstības ātrumu
Projekta rezultāti u.c. informācija par projekta īstenošanu:
1. Pacientu rekrutēšana un paraugu ievākšana
Projekta sākumposmā tiks veidotas pētījuma dalībnieku grupas: pacienti ar ātru diabētiskās nefropātijas progresiju, pacienti ar stabilu nieru slimību un veselo indivīdu grupa. No pētījuma dalībniekiem tiks ievākti klīniskie un diētas dati, kā arī fēču un asins paraugi. Šīs aktivitātes gaitā tiks sagatavots apraksts par ievāktajiem datiem.
2. Zarnu iekaisuma marķieru fēcēs un sistēmiska iekaisuma raksturošana
Šīs aktivitātes ietvaros tiks noteikti un analizēti pētījuma grupās iekaisuma marķieri fēcēs un serumā: fēču kalprotektīna līmenis, seruma endotoksēmijas marķieri. Aktivitātes rezultāti tiks prezentēti starptautiskajā zinātniskajā konferencē. Tiks sagatavota un iesniegta publikācija Scopus/Web of Science datubāzēs. Projekta rezultātu popularizēšana notiks caur pacientu asociāciju izdevumiem un sabiedriskajiem medijiem.
3. Asociācijas izpēte starp diētas faktoriem, zarnu iekaisuma marķieriem un seruma sistēmisko iekaisumu
Aktivitātes ietvaros tiks raksturoti pētījuma dalībnieku diētas paradumi, izmantojot diētas anketas un 3-dienu diētas dienasgrāmatas. Lai raksturotu diētas faktorus, tiks analizēts enerģijas, makroelementu, šķiedrvielu patēriņš, kā arī diētas rekomendāciju ievērošana (ar speciālas skalas palīdzību), kā arī dažādu produktu grupu patēriņa biežums. Tiks analizēta asociācija starp diētas faktoriem, zarnu iekaisuma marķieriem un seruma endotoksēmiju pacientiem ar 1. tipa cukura diabētu un veseliem cilvēkiem. Tiks sagatavota un iesniegta publikācija Scopus/Web of Science datubāzēs. Aktivitātes rezultāti tiks prezentēti starptautiskajā zinātniskajā konferencē. Tiks nolasīta 1 lekcija Latvijas ārstu asociāciju biedriem. Projekta rezultātu popularizēšana notiks caur pacientu asociāciju izdevumiem un sabiedriskajiem medijiem.
4. Datu platformas izveide
Aktivitātes ietvaros tiks veidota interneta datu platforma, kas apkopos pētījumā iegūtos datus. Tiks nodrošināta datu organizāciju tādā veidā, lai to varētu izmantot citi pētnieki un tiks izveidots datu piekļuves algoritms. Projekta rezultātu popularizēšana notiks caur pacientu asociāciju izdevumiem un sabiedriskajiem medijiem.
Pirmajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.04.2020-30.06.2020 tika veikta literatūras izpēte, lai identificētu pētījumus par projekta tēmu, kuri tika publicēti laikā pēc projekta pieteikuma iesniegšanas. Tika sagatavots un iesniegts pieteikums Latvijas Centrālajai medicīnas ētikas komitejai, kurš tika apstiprināts, atļauja Nr. 01-29.1/2226. Tika apkopota informācija par pētījuma LatDiane pacientiem, lai atlasītu pēcdoktorantūras pētījuma pacientu grupas. Nodibināju kontaktus ar institūtu Bior, vienojoties par sadarbību uztura dienasgrāmatu un pārtikas biežuma anketu apstrādē. Notika komunikācija ar sadarbības partneriem: ar Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centru par paraugu ievākšanas protokoliem, pētījuma logistiku; ar Folkhalsan Institute of Genetics, Folkhalsan Research Center, Helsinki, Finland, pārņemot ārzemju kolēģu pieredzi pētījuma tēmā, un strādājot pie pētījuma dizaina. Veicu tirgus izpēti par pētījumam nepieciešamajiem reaģentiem un materiāliem, komunicējot ar piegādātiem.
Otrajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.07.2020-30.09.2020 turpināju gatavoties pacientu rekrutēšanai pētījumā. Veicu tirgus izpēti par klīniskās laboratorijas pakalpojumu nodrošinājumu pētījuma vajadzībām. Projekta otrajā ceturksnī izgāju apmācību par pareizu anketēšanas tehniku, izmantojot uztura biežuma anketu, 24-stundu atcerēšanās anketu un trīs dienu uztura dienasgrāmatas pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides institūtā BIOR. Pēc apmācības es veicu pētījuma anketu iekšējo validāciju, kā arī pilotpētījumu ar nelielu 1. tipa cukura diabēta pacientu skaitu. Šīs iekšējās un ārējās validācijas gaitā identificēju anketu aspektus, kuri ir jāprecizē un jākoriģē. Turpināju regulāru komunikāciju ar sadarbības partneriem: ar Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centru un Folkhalsan Institute of Genetics, Folkhalsan Research Center, Helsinki, Finland, par pētījuma loģistiku un pētījuma dizainu.
Trešajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.10.2020.–31.12.2020. turpinājās gatavošanās pacientu rekrutēšanai pētījumā: tika precizēti pētījuma anketu aspekti, izmantojot iepriekšējā ceturksnī veiktās anketu iekšējās un ārējās validācijas rezultātus un sagatavoti pētījuma komplekti. Tika noslēgti līgumi ar klīnisko laboratoriju par bioķīmisko analīžu veikšanu un ar Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides institūtu BIOR par uztura datu apstrādi. Sadarbībā ar LU Juridiskā departamenta Iepirkumu nodaļu tika gatavotas specifikācijas pētījumam nepieciešamo reaģentu iepirkuma organizēšanai. Saskaņā ar projekta izpildes plānu, izgāju statistikas kursus, izmantojot Coursera interneta vietni. Turpināju regulāru komunikāciju ar sadarbības partneriem: ar Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centru un Folkhalsan Institute of Genetics, Folkhalsan Research Center, Helsinki, Finland, par pētījuma loģistiku un pētījuma dizainu.
Ceturtajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.01.2021.–31.03.2021. uzsāku pacientu rekrutēšanu pētījumā, realizējot visas paredzētās pētījuma protokola daļas: pacientu klīniskā izmeklēšana, antropometrisko datu ievākšana, diētas biežuma anketas aizpildīšana, 24 stundu diētas atcerēšanās anketa, 3 - dienu uztura dienasgrāmatas aizpildīšana, asins un fēču paraugu ievākšana.
Neskatoties uz COVID-19 pandēmiju, un strādājot ar visu epidemioloģiskās drošības pasākumu ievērošanu, pārskata periodā izdevās rekrutēt 37 pacientus ar 1. tipa CD un 6 kontroles indivīdus. Tāpat šajā periodā vienu mēnesi pavadīju virtuālajā mobilitātē Folkhalsan Institute of Genetics, Folkhalsan Research Center, Helsinki, Finland. Mobilitātes laikā iepazinos ar šīs pētījuma grupas darba organizāciju, piedalījos viņu regulārajās sanāksmēs, kā arī turpināju piestrādāt pie pētījuma dizaina un plānot sava pētījuma rezultātu analīzi individuālo konsultāciju laikā ar FinnDiane grupas darbiniekiem.
Piektajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.04.2021-30.06.2021 turpināju pacientu rekrutēšanu pētījumā, bioloģisko paraugu un datu ievākšanu. Kopumā pētījumā tika iesaistīti 72 diabēta pacienti un 36 indivīdi ar normālu cukura vielmaiņu. Tāpat šajā periodā tika uzsākta diētas datu ievadīšana Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskā institūta BIOR datubāze, to turpmākai analīzei. Ar sava pētījuma prezentāciju piedalījos Zinātnieku nakts pasākumā.
Sestajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.07.2021-30.09.2021 tika veikta ievākto datu ievadīšana elektroniskajās datubāzēs. Dati no diētas dienasgrāmatām un uztura biežuma anketām tika ievadīti Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskā institūta BIOR datubāzē, to turpmākai analīzei. Dati par pētījuma indivīdu slimību vēsturi, diabēta komplikācijām un bioķīmisko analīžu dati tika ievadīti pētījuma specifiskajā datubāzē, kura tiek izstrādāta tā vajadzībām. Lai uzlabotu pētījuma dalībnieku līdzestību, šajā laika periodā nodrošināju arī atgriezenisko saiti pētījuma dalībniekiem telefonkonsultāciju veidā.
Septītajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.10.2021-31.12.2021 ir turpināta diētas datu ievadīšana elektroniskajās datubāzēs. Diētas datu ievadīšanas gaitā tika identificēti vairāki “jaunprodukti”, proti, produkti vai to kombinācijas, kuras līdz šim nebija Bior institūta pārtikas produktu datu bāzē. Lai ievadītu šos produktus datubāzē, sadarbībā ar Bior institūtu tika veidotas jaunas pozīcijas tajā. Līdz 31.12.2021 izdevās pabeigt uztura datu ievadīšanu. Tika turpināts darbs arī pie pētījuma indivīdu slimību vēstures un bioķīmisko analīžu datu sakārtošanas pētījuma specifiskajās datubāzēs. Identificējot dažas iztrūkstošās analīzes, dalībnieku paraugi tika atkārtoti nosūtīti uz klīnisko laboratorija. Tāpat šajā projekta posmā tika uzsākta seruma un fēču iekaisuma marķieru analīze.
Astotajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.1.2022-31.03.2022 tika pabeigti seruma iekaisuma marķieru mērījumi un ir uzsākta datu analīze. Analizējot datus, konstatēta samērā izteikta rezultātu variabilitāte starp eksperimentiem (platēm), tādēļ ir pieaicināts statistikas specialists, lai veiktu datu normalizāciju. Pēc datu normalizācijas dati tika primary izanalizēti un konferenču tēzes par rezultātiem tika iesniegtas LU Starptautiskai medicīnas konferencei (prezentācija notikusi 25.03.2022), Eiropas Diabēta izpētes asociācijas ikgadējam saietam (informācija par tēžu pieņemšanu tiek gaidīta) un Eiropas Diabētiskās nefropātijas izpētes grupas saietam (tēzes pieņemtas, prezentācija notiks 27-28.05.2022). Tāpat tika strādāts pie diētas datu transformācijas statistiskai analīzei pieejamā formā. Diētas biežuma anketas dati tika grupēti pēc produktu kategorijām sākotnējai analīzei. Piemēram, liellopa, jēra, cūkaļas patēriņš tika klasificēts kā "sarkanās gaļas patēriņš"; rīsu, griķu, prosas un citu graudaugu patēriņš tika klasificēts kā "graudaugu patēriņš" un tamlīdzīgi. Šāda grupēšana ir svarīga, lai saprastu galvenās tendences rezultātos, un pie sīka produktu iedalījuma varēs atgriezties vēlākos pētījuma posmos. 3-dienu diētas dienasgrāmatu dati tika eksportēti tādā veidā, lai būtu iespējama makroelementu (olbaltumvielas, tauki, ogļhidrāti, šķiedrvielas) un mikroelementu (vitamīni un minerālvielas) analīze pētījuma grupās.
Devītajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.4.2022-30.06.2022 kopā ar uzturzinātnes maģistantūras student Sofiju Ivanovu turpināju strādāt pie iegūto diētas datu transformācijas statistiskai analīzei pieejamā formā. Datus analizējām ar mērķi identificēt produktu grupas, kuras asociējas ar visaugstāko seruma C-reaktīvā olbaltuma līmeni un fēču kalprotektīna līmeni. Iegūtie rezultāti tiks prezentēti Baltijas Endokrinologu kongresā 2022. gada oktobrī. Nākamais solis būs citu seruma endotoksēmijas marķieru asociācija ar uztura produktu grupām. 2022. gada jūnijā biju mobilitāte Folkhalsan Institute of Genetics, FinnDiane grupā, Helsinkos, Somijā. Mobilitātes laikā tika strādāts pie iegūto rezultātu interpretācijas, kopā ar manu mentor no FinnDiane grupas, Markku Lehto. Kopā ar viņu identificējām variantus datu statistiskai analīzei, kas vairāk atbilstu iegūto datu raksturojumam. Tāpat ieplānojām pētījuma attīstības virzienus kopā ar FinnDiane grupu, saliekot Latvijā un Helsinkos iegūtos paraugus kopā jaunu zarnu caurlaidības un endotoksēmijas biomarķieru identificēšanai 1. tipa cukura diabēta pacientiem.
Desmitajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.7.2022-30.10.2022 ir analizēti pētījuma dalībnieku uztura patēriņa dati. Konstatēts, ka pētījumā iesaistīto diabēta pacientu vidējais enerģijas patēriņš nepārsniedz vidēji rekomendēto; relatīvai “normai” atbilst arī proteīna patērētais daudzums. Taču vidējais ogļhidrātu, šķiedrvielu un dārzeņu daudzums nesasniedz rekomendēto. Savukārt, taukus un saldumus pētījuma dalībnieki patērē vairāk, nekā rekomendēts. Prelimirārie pētījuma rezultāti liecina, ka nepietiekams salikto ogļhidrātu daudzums ir saistīts ar lielāku iekaisuma līmeni serumā, savukārt kalprotektīna līmeņa pieagumu fēcēs varētu veicināt lielāks olbaltumvielu patēriņš. Nākamais solis būs citu seruma endotoksēmijas marķieru asociācija ar uztura produktu grupām. 28.09.22 piedalījos Zinātnieku nakts pasākumā, izglītojot interesentus par diabētu, tā komplikācijām, kā arī specifiski projekta tēmu. Sagatavoju populārzinātnisko rakstu žurnālam Doctus “Cukura diabetes senioram”, rakstā uzsverot uztura un diabētiskās nieru slimības aspektus, saskaņā ar projekta prioritātēm.
Vienpadsmitajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.10.2022-31.12.2022 turpinājās darbs pie seruma iekaisuma marķieru analīzes, jo samērā daudzu paraugu analīzi nācās atkārtot iepriekš novērotās datu variabilitātes dēļ. Tāpat tika novadītas sarunas ar SIA Longenesis, lai nodrošinātu projekta datu platformas publisku pieejamību. Pārskata perioda laikā strādāju pie datu pārveidošanas nepieciešamajā formātā. Tāpat tika sagatavots raksts pacientiem un ārstiem par diabētisko gastroeteropātiju, projekta rezultātu publicitātes mērķu sasniegšanai. Raksti iesniegti attiecīgi izdevumā “Diabēts un veselība” un “Latvijas ārsts”. Pārskata periodā intensīvi notika darbs pie projekta rezultātu apkopošanas zinātnisko publikāciju veidā. Konsultācijas laikā ar LU biblioteku precizēju atbilstošo žurnālu atlases metodiku.
Divpadsmitajā projekta ceturksnī paveiktais
Laika periodā 1.1.2023-31.03.2023 tika sagatavota un iesniegta publikācija par diabētiskās gastroenteropātijas simptomiem 1. tipa diabēta pacientiem ar un bez diabētiskās nieru slimības. Tajā tika apkopoti dati par pacientu gastrointestinālo simptomu anketām un kalprotektīna līmeni fēcēs. Publikācija tika iesniegta Journal of Clinical Medicine. Tāpat tika pabeigts darbs pie seruma iekaisuma marķieru atkārtotas testēšanas un analīzes. Atkārtotajā datu izvērtēšanā konstatējām, ka variabilitātes līmenis ir pieļaujams, un var atsākt statistisko analīzi un publikācijas sagatavošanu. Analizējot endotoksēmijas datus, konstatējām, ka atbilde uz endotoksīnu diabēta pacientiem un kontroles indivīdiem atšķiras, kā arī izteiktāka endotoksēmija vērojama pacientiem ar metabolo sindromu. Šie novērojumu veidoja publikācijas kodolu, kura iesniegta Scientific Reports. Pēdējā projekta ceturksnī strādāju arī pie projekta datu kopas pieejamības nodrošināšanas. Tas tika risināts ar Longenesis.Curator risinājumu. No datu kopas, kas atrodas LU Microsoft vietnē excel faila veidā, tika izveidots csv fails, no kura veidots metadatu fails Longenesis.Curator vietnē. Lai sagatavotu datu kopu publicēšanai, sagatavoju tās aprakstu, atslēgas vārdus un noteicu kategorijas, pēc kurām varēs atlasīt informāciju. Piekļuves soļi datu platformai aprakstīti instrukcijā, kura ir ievietota LU mājaslapā pie projekta informācijas. Tāpat pārskata perioda tika publicēts raksts ārstiem par diabētisko gastroeteropātiju žurnālā “Latvijas ārsts”. Noslēdzot projektu, tika sasniegti visi pieteikumā plānotie rezultāti, izpildīti visi publicitātes pasākumi, veiktas mobilitātes pie ārvalstu partneriem trīs mēnešu garumā, izietas apmācības statistikā un epidemioloģijā, kā arī uzsākts darbs pie nākamiem projektu pieteikumiem, kuri nodrošinās projekta ilgtspēju.
(pdf.)