Projektā plānotās darbības

Projektā plānotas sekojošas darbības

1. Genotipēšanas metodoloģijas izstrāde - PSMA6, PSMC6, PSMA3, PSMB9, PSME1 un PSMD8 proteasomu gēnu SNP atlase, izmantojot literatūras datus un 1000 genomu datus www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ datubāzē. PCR praimeru un genotipēšanas metodoloģijas (alēļu specifiska amplifikācija, restrikcijas fragmentu garuma polimorfismu analizēšana, sekvencēšana) izstrāde un standartizēšana. 2.Multiplās sklerozes (MS) gadījuma/kontroles grupas pētījuma dalībnieku genotipēšana - Primārā (laboratorijā pieejamā) MS 280/280 gadījuma/kontroles grupas pētījuma (izveidota atbilstoši Helsinku deklarācijai, apstiprināta ar Latvijas Centrālās medicīnas ētikas komitejas protokolu Nr. 01-29.1/17, mērķa grupai joprojām pieejama Latvijas Universitātes Bioloģijas institūta Genomikas un bioinformātikas paraugu kolekcijā) dalībnieku genotipēšana pēc diviem SNP katram augstākminētajam gēnam.
Iegūto datu prezentēšana vietējās zinātniskajās konferencēs (Latvijas Universitātes zinātniskā konference, 2018., 2019. g.). 3.MS asociāciju pētījums - Alēļu, viena-lokusa genotipu, haplotipu un multi-lokusu genotipu uzņēmības pret MS analizēšana, izmantojot XLSTAT Windows programmatūru vai citu piemērotu statistisko programmatūru. 4.Interferonu terapijas asociāciju analīze - Alēļu, viena-lokusa genotipu, haplotipu un multi-lokusu genotipu uzņēmības pret ārstēšanu analizēšana, grupējot MS pacientus pēc atbildes reakcija uz interferonu terapiju kā definēts NEDA kritērijos. 5.Sekundārās MS gadījuma/kontroles kolekcijas izveidošana - MS gadījuma/kontroles grupas primārā pētījuma MS pacientu un veselo personu atlase pēc PSMA6-PSMC6-PSMA3 aizsargājošā un MS riska genotipa un atbildes reakcijas uz interferonu terapiju; komunikācija ar pacientiem, asins paraugu iegūšana, RNS izdalīšana un plazmas atdalīšana. 6.Gēnu ekspresijas analīze - Praimeru un metodikas izstrāde PSMA6, PSMC6, PSMA3 un iNOS gēnu ekspresijas līmeņa noteikšanai, izmantojot SYBER Green qPCR kitu un StepOne™ Real-Time PCR System (Applied Biosystems). PSMA6, PSMC6, PSMA3 un iNOS gēnu ekspresijas līmeņa noteikšana sekundārās gadījuma/kontroles kolekcijas paraugos.
Iegūto datu prezentēšana vietējās zinātniskajās konferencēs (Latvijas Universitātes zinātniskā konference, 2018., 2019. g.). 7.Asins plazmas mērījumi - Proteasomu koncentrācijas, nitrītu/nitrātu līmeņa un NO radikāļu noteikšana sekundārās gadījuma/kontroles kolekcijas paraugu asins plazmā. 7.1.Proteasomu koncentrācijas noteikšana - Proteasomu koncentrācijas noteikšana, izmantojot Proteasome ELISA Kit (Enzo Life Sciences). 7.2.Nitrītu/nitrātu līmeņa noteikšana - Nitrītu/nitrātu līmeņa noteikšana, izmantojot Nitrate/Nitrite Colorimetric Assay Kit (Cayman Chemical Company) un slāpekļa monoksīda analizatoru NOA-280i. 7.3.NO radikāļu noteikšana - NO radikāļu noteikšana, izmantojot ESR spektrometru "Radiopan" SE/X2544 (Radiopan, Poznan, Polija). 8.SNP funkcionalitātes bioinformātiskā analīze in silico - Novērtēt in silico pētīto polimorfismu iespējamo funkcionalitāti (ietekmi uz afinitāti pret transkripcijas faktoriem, splaisinga signāliem, transkripcijas regulatoriem, mikroRNS mērķēšanu, DNS un RNS sekundārajām struktūrām u.c.), izmantojot attiecīgas publiski pieejamas tiešsaistes datu bāzes un rīkus. 9.Mikrosatelītu DNS struktūru noteikšana in vitro - Atkārtojumu skaita ietekmes uz DNS sekundārajām struktūrām (dupleksi, tripleksi, Z-DNS) noteikšana PSMA6 mikrosatelītiem (1. un 7. introns), izmantojot Chirascan CS/3D ar CS/SF stopped flow sistēmu cirkulējošā dihroisma analīzei. 10.Rezultātu apkopošana un izplatīšana - Divu oriģinālu zinātnisko rakstu sagatavošana starptautiski citētiem izdevumiem ar ietekmes faktoru vismaz 50% no vidējā nozares faktora un viena oriģināla zinātniskā raksta sagatavošana SCOPUS datubāzēs iekļautiem žurnāliem.