Genomikā un transkriptomikā balstīta maz raksturotu Streptomyces spp. celmu antimikrobiālo mehānismu kombinēšana antagonistisku sinkomu veidošanai pret ošu kalšanu un ozolu akūto kalšanu izraisošiem patogēniem

Projekta nosaukums latviski: Genomikā un transkriptomikā balstīta maz raksturotu Streptomyces spp. celmu antimikrobiālo mehānismu kombinēšana antagonistisku sinkomu veidošanai pret ošu kalšanu un ozolu akūto kalšanu izraisošiem patogēniem

Projekta nosaukums angliski: Genomics and transcriptomics guided trait stacking of antagonistic mechanisms utilized by Streptomyces spp. from underexplored strain collection in syncoms against pathogens causing ash dieback and acute oak decline

Projekta numurs: lzp-2024/1-0109

Projekta īstenotājs: Latvijas Universitāte (LU)

Projekta sadarbības partneris: Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs (LBMC)

Projekta vadītājs: Vizma Nikolajeva

Projekta īstenošanā vadošā iestāde LU ir Medicīnas un dzīvības zinātņu fakultāte

Projekta īstenošanas periods: 01.01.2025. – 31.12.2027.

Projekta kopējais finansējums: 300 000 EUR, tajā skaitā LU projekta daļai piešķirtais finansējums: 153 000 EUR

Plānotie projekta rezultāti: 

• 2 zinātniskās publikācijas;
• 2 ziņojumi zinātniskās konferencēs;
• aizstāvēts maģistra darbs;
• jauns projekta pieteikums;
• genomikas un transkriptomikas dati, deponēti publiskajos datu repozitorijos.

Zinātniskā grupa: 

• Vizma Nikolajeva, Dr. biol., vadošā pētniece, LU;
• Anete Borodušķe, Dr. biol., vadošā pētniece, LU;
• Agris Pentjušs, Dr. sc. ing., vadošais pētnieks, LU;
• Māris Seņkovs, Mg. biol., pētnieks, studējošais, LU;
• Samanta Berena, Bc. biol., bioloģe, studējošā, LU;
• Dāvids Fridmanis, Dr. biol., vadošais pētnieks, LBMC;
• Ineta Kalniņa, Dr. biol., pētniece, LBMC;
• Dita Gudrā, Dr. biol., pētniece, LBMC;
• Ance Roga, Mg. biol., zinātniskā asistente, LBMC;
• Ņikita Fomins, Mg. biol., zinātniskais asistents, LBMC;
• Kate Kaire, Bc. biol., laborants, studējošā, LBMC;
• Elīna Bērziņa, Bc. biol., laborants, studējošā, LBMC.

Informācija par projektu:

Projekta mērķis ir izmantot antimikrobiālo pazīmju savietošanas paņēmienu, lai, kombinējot komplementārus Streptomyces celmus, izveidotu efektīvu antagonistisku sintētisko sabiedrību (SynCom) kas inhibē platlapju koku slimību izraisītājus. Izveidotie SynComi tiks mērķēti cīņai pret trim patogēniem – Hymenoscyphus fraxineus, Gibbsiella quercinecans un Brenneria goodwinii, kas saistīti ar divām platlapju koku sugu slimībām – ošu kalšanu un ozolu akūto kalšanu.

Šis pētījums izmantos genomiku un transkriptomiku, lai izzinātu antimikrobiālos mehānismus, kas pārstāvēti maz pētītos Streptomyces celmos no Latvijas Mikroorganismu kultūru kolekcijas. Izmantojot genomikā un metatranskriptomikā balstītu metabolisko modelēšanu, tiks paredzētas efektīvākās antagonistisko celmu kombinācijas, kas tiks pārbaudītas ar antagonisma testiem.

Projekta aktivitātes:

1. Streptomyces mērķa celmu izvēle.
2. Genomikā un metatranskriptomikā balstītas funkcionāli komplementāru Streptomyces spp. kombinācijas.
3. Streptomyces sintētisko sabiedrību (SynCom) in vitro testēšana, kas izstrādāta, pamatojoties uz genomikā un metatranskriptomikā balstītu atlasi.

Pētījuma rezultāti sniegs jaunas fundamentālās zināšanas koku patoloģijā un mikroorganismu ekoloģijā, kā arī veicinās vietējo mikrobioloģisko resursu pieejamību un pielietojamību. Vietējās izcelsmes Streptomyces celmu kolekcijas antimikrobiālo īpašību noteikšana veicinās inovācijas zināšanās-balstītas bio-ekonomikas jomā.