Ar B limfocītiem saistīto 1. tipa cukura diabēta komplikāciju attīstības marķieru noteikšana

Projekta vadītājs (pēcdoktorants): Pētniece, dr. med. Evita Rostoka

Projekta nosaukums: Ar B limfocītiem saistīto 1. tipa cukura diabēta komplikāciju attīstības marķieru noteikšana

Projekta līguma numurs: 1.1.1.2/VIAA/4/20/671

Projekta īstenošanas termiņš: 01.01.2021. līdz 30.06.2023.

Projekta sadarbības partneri: Nav

Projekta kopējais finansējums, LU daļa: 111,504.90 EUR, LU daļa 5 % – 5,575.25 EUR

Projekta mērķis: Pieteiktā pētījuma galvenais zinātniskais mērķis ir, izmērot ar plūsmas citometrijas metodi B limfocītu subpopulāciju līmeņus un salīdzinot tos ar loģistiskās regresijas metodi ar ELISA metodi izmērītām citokīnu koncentrācijām serumā, ievāktiem klīniskiem un demogrāfiskiem datiem, atrast ar diabētisko nefropātiju saistītos rādītājus un, izmantojot mašīnmācīšanās (“machine learning”) datu analīzes stratēģiju, noskaidrot, vai balstoties uz iegūto datu kopu, ir iespējams izstrādāt individuālus diabētiskās nefropātijas attīstības prognostiskos marķierus.

Projekta rezultāti: Projekta realizācijas gaitā tiks sagatavotas vismaz divas zinātniskās publikācijas, triju konferenču tēzes, kā arī pilnveidotas pēcdoktorantes prasmes un zināšanas.

Kontakti: evita.rostoka@lu.lv

I ceturksnis (01.01.21.–31.03.21.)

Pirmā projekta ceturkšņa laikā tikai uzsākta darba protokola izstrāde. Apzināta aparatūra un darba materiāli, nodrošināta pētījuma paraugu loģistika. Atrisināti jautājumi par pacientu paraugu ievākšanu ārkārtas situācijas laikā un jautājums par pacientu paraugu apstrādi. Uzsākts darbs pie materiālu iepirkumu procedūras. Iegūta ētikas atļauja darba veikšanai. Sadarbībā ar LU MF Personalizētās medicīnas laboratoriju uzsākta 1. tipa cukura diabēta pacientu un kontroles grupas paraugu ievākšana.

II ceturksnis (01.04.21.–30.06.21.)

Otrā projekta ceturkšņa laikā tiek turpināta 1. tipa cukura diabēta pacientu un kontroles grupas paraugu ievākšana un apstrāde. Tiek risināti jautājumi par iegūto šūnu paraugu kvalitātes uzlabošanu analīzei ar Amnis ImageStream plūsmas citometru.

Zinātniskais raksts:

Rostoka E, Salna I, Dekante A, Pahirko L, Borisovs V, Celma L, Valeinis J, Sjakste N, Sokolovska J. DNA damage in leukocytes and serum nitrite concentration are negatively associated in type 1 diabetes. Mutagenesis. 2021 May 19:geab015. doi: 10.1093/mutage/geab015. Online ahead of print. PMID: 34008029, papildināts sinerģijā ar ERAF projektu 1.1.1.2/VIAA/4/20/671 

III ceturksnis (01.07.21.- 30.09.21.)

Tiek turpināta 1. tipa cukura diabēta pacientu un kontroles grupas bioloģisko paraugu, klīnisko un anketēšanas datu ievākšana. Pirmajā paraugu ievākšanas darba posmā (I, II un III ceturkšņi) tika iegūti 45 1TCD pacientu un 30 indivīdu bez 1TCD paraugi un dati, pēc kā uzsākta nākamā paraugu ievākšanas posma plānošana, nepieciešamo materiālu apzināšana un iepirkšana.

IV ceturksnis (01.10.21.-31.12.21.)

Laika posmā no 01.10.2021. līdz 31.12.2021. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi:

1. Pētījumā iesaistīto brīvprātīgo un 1. tipa cukura diabēta pacientu datu apkopošana, datu kopas izveide;

2. Mobilitāte no 31.10.2021 līdz 30.11.2021 uz Laboratory of Chromatin Dynamics and Metabolism in Cancer, CNRS UMR9018, Institut Gustave Roussy Villejuif, France.

3. Tiešsaistes kursi “Introductory and refresher course in flow cytometry” Swiss Flow Cytometry School (SFCS), University Medical Center (CMU), Genève , Switzerland, 29.11.21., 30.11.21., 6.12.21., 7.12.21., 13.12.21., 14.12.21.

4. Decembrī tika turpināta pacientu un kontroles grupas bioloģisko paraugu un datu ievākšana.

V pārskata periods (01.01.22. –31.03.22.)

Laika posmā no 01.01.22. līdz 31.03.22. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi: 1. Turpinās bioparaugu ievākšana. 2. Turpinās pacientu/ kontroles grupas (pētījuma dalībnieku) datu kopas/ datu bāzes papildināšana. 3. Ir uzsākti citokīnu (IL-6, IL-7, TNFalfa, BAFF, APRIL, IL-10) mērījumi pacientu un kontroles grupas asins serumā. 4. Notiek pacientu un veselīgas kontroles grupas jau iegūto klīnisko un bioķīmisko datu analīze ar mašīnmācīšanās metodi, un notiek šo datu statistiskā apstrāde.

VI pārskata periods (01.04.22. – 30.06.22.)

Laika posmā no 01.04.22. līdz 30.06.22. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi: 1. Pabeigta bioparaugu ievākšana. 2. Turpinās citokīnu (IL-6, IL-7, TNFalfa, BAFF, APRIL, IL-10) mērījumi pacientu un kontroles grupas asins serumā. 3. Iegūtie dati ir prezentēti stenda referāta veidā E. Rostoka, K. Shvirksts, A. Fedulovs, I. Trapiņa, J. Sokolovska IN SEARCH OF BIOMARKERS FOR TYPE 1 DIABETES. FEBS3+ Conference of  Estonian, Latvian and Lithuanian Biochemical Societies Tallinn, Estonia   15 – 17 June 2022. 4. 2022. gada 24. aprīlī Latvijas Universitātes Biomedicīnas pētījumu un jauno tehnoloģiju doktorantūras skolā tika nolasīta lekcija “B limfocītu loma diabētisko komplikāciju attīstībā”. 5. Notiek 1. tipa cukura diabēta pacientu un kontroles grupas antropometrisko, demogrāfisko, klīnisko un bioķīmisko datu statistiskā apstrāde un apstrāde ar mašīnmācīšanās metodi publikācijas sagatavošanai. 6. Notiek antivielu paletes B subpopulāciju noteikšanai ar plūsmas citometru iepirkšanas procedūra.

VII pārskata periods (01.07.2022. – 30.09.2022.)

Laika posmā no 01.07.2022. līdz 30.09.2022. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi: 1. Tiek uzturēta bioparaugu kolekcija. 2. Notiek B limfocītu subpopulāciju noteikšana 1. tipa cukura diabēta pacientu asinīs un veselīgās kontroles grupā. 3. Pētniece ir stažējusies Gustava Rusī institūtā, Villejuif, Francija.

VIII pārskata periods (01.10.2022. – 31.12.2022.)

Laika posmā no 01.10.2022. līdz 31.12.2022. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi:

1. Tiek turpināti bioparaugu kolekcijas uzturēšanas darbi.

2. Notiek B limfocītu subpopulāciju noteikšana 1. tipa cukura diabēta pacientu asinīs un veselīgās kontroles grupā.

3. Informācija par realizējamo projektu tika publicēta Latvijas universitātes Facebook https://www.facebook.com/latvijasuniversitate/photos/pcb.10160902951580982/10160902950020982 un Twitter: https://twitter.com/universitatelv/status/1579729608517521409 kontos.

4. Pētniece ir piedalījusies Pasaules diabēta dienās 26. novembrī, tādā veidā informējot cukura diabēta pacientus par realizējamo projektu.

5. Ir izstrādātas un iespiegtas tēzes RSU zinātnes nedēļai.

6. Tiek strādāts pie zinātniskās publikācijas.

IX pārskata periods (01.01.2023.- 31.03.2023.)

Laika posmā no 01.01.2023. līdz 31.03.2023. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi:

1. Tiek turpināti bioparaugu kolekcijas uzturēšanas darbi un B limfocītu subpopulāciju noteikšana 1. tipa cukura diabēta pacientu asinīs un veselīgās kontroles grupā.

2. Pētniece ir veikusi mobilitāti pie diabētiskās nefropātijas izpētes grupas FinnDiane Helsinkos, Somijā 09.01.23.-20.01.23., kur uzstājās seminārā, iepazinās ar institūta izpētes iespējām, apguva jaunas metodes, kā arī tika apspriesta iespējamā zinātniskā sadarbība.

3. Pētniece tika ievēlēta vadošā pētnieka amatā LU Medicīnas fakultātē.

4. E. Rostoka ir piedalījusies ar diviem stenda referātiem Latvijas Universitātes 81. zinātniskā konferencē un vienu stenda referātu RSU Zinātnes nedēļā 2023.

5. Tiek statistiski apstrādāti dati par 1. tipa cukura diabēta pacientu un kontroles B limfocītu subpopulāciju līmeņiem un to saistību ar diabētisko nefropātiju un citām diabētiskām komplikācijām, klīniskiem parametriem, citokīnu (Il-6, Il-7, Il-10, TNFalfa, APRIL, BAFF) līmeņiem.

X pārskata periods (01.04.2023.-30.06.2023.)

Laika posmā no 01.04.2023.-30.06.2023. projekta ietvaros tika veikti sekojoši pasākumi:

1. Ir iegūti un statistiski apstrādāti gala dati par B limfocītu subpopulāciju un citokīnu (IL-6, IL-17, IL-10, BAFF, APRIL, TNFalfa) sadalījumu starp grupām: veselīge indivīdi, 1. tipa cukura diabēta pacienti bez komplikācijām; 1. tipa cukura diabēta pacienti ar diabētisko nefropātiju mikroalbumīnūrijas stadiju un 1. tipa cukura diabēta pacienti ar diabētisko nefropātiju makroalbumīnūrijas stadiju.
2. Ir publicēta populārzinātniska publikācija "B limfocītu loma diabētiskās nefropātijas attīstībā" arsts.lv 2023. gada jūnija numurā (https://arsts.lv/jaunumi/iznacis-jaunais-2023-gada-junija-zurnals-arstslv ).
3. Tika apmeklēts seminārs "FAT4BRAIN O2k-Workshop IOC159 on HRR for the assessment of mitochondrial bioenergetics" April 19, 2023 Riga, Latvia.
4. V Pasaules latviešu zinātnieku kongresā “Zinātne Latvijai” 29.06.2023. tika prezentēts stenda referāts: "Involvement of B lymphocytes in the development of diabetic nephropathy".
5. Iegūtie dati ir izanalizēti ar mašīnmācīšanās algoritmiem.
6. Ir iesniegts manuskripts "Prediction of type 1 diabetes with machine learning algorithms based on FTIR spectral data in peripheral blood mononuclear cells." Analytical Methods, The Royal Society of Chemistry.
7. Pēcdoktorantūras projekta realizācijas rezultātā ir izveidotas iestrādes jaunas tēmas attīstībai, kas ir saistīta ar APRIL (A proliferation-inducing ligand) citokīna lomas izpētei diabētiskās nefropātijas attīstības kontekstā.