Kolekcijas krājuma pamats ir Latvijas Universitātes herbārijs, kura kopējais eksemplāru skaits ir vairāk nekā 150 tūkstoši. Vēl aptuveni 10 tūkstoši krājuma priekšmetu ir saistīti ar latviešu botāniķiem, organizācijām (Rīgas Dabaspētnieku biedrību, Latvijas Universitātes Bioloģijas fakultātes Botānikas katedru) un botānikas izpētes vēsturi.
1919. gadā botāniķis Nikolajs Malta nodibināja LU Botānikas laboratoriju (no 1927. gada - Augu morfoloģijas un sistemātikas institūts). Pirmsākumos Latvijas ziedaugu herbāriju veidoja paša N. Maltas, kā arī Rīgas politehniskā institūta studenta Aleksandra Grosses ievākta aptuveni 1000 eksemplāru kolekcija. Vēlāk herbārija kolekcijas papildināšanā iesaistījās LU Matemātikas un dabaszinātņu fakultātes docētāji un studenti. Turpmākos gados LU herbārija krājumu papildināja ar vairākām senām, vēsturiskām kolekcijām no 19. gs., kā arī ar tai laikā visprominentākā botāniķa Karla Reinholda Kupfera Baltijas augu herbāriju. Pēc 2. Pasaules kara herbāriju turpināja papildināt ar jauniem Bioloģijas fakultātes Botānikas katedras docētāju un studentu vākumiem. Kopš 20. gs. 50. g. Botānikas un mikoloģijas krājumu turpina pilnveidot emer. doc. Edgars Vimba (Latvijas sēņu sugu kolekcija) un emer. doc. Alfons Piterāns (Latvijas ķērpju sugu kolekcija).
Bez herbārija, muzejā glabājas citas botāniķu veidotās kolekcijas, Jūlija Smaroda Latvijas sēņu eksikāts, K. R. Kupfera mikoloģiskā kolekcija, algologa Henriha Skujas vēsturiskais mantojums, botāniķu pieraksti, grāmatas un zīmējumi, ieskaitot apjomīgo Ferdinada Erdmaņa Štolla sēņu zīmējumu un fotogrāfiju kolekciju, kā arī Botānikas katedras mantojums – vēsturiskie mācību līdzekļi. Pētniekiem un interesentiem ir pieejama H. Skujas privātbibliotēka un Herbārija bibliotēka. Stikla vitrīnās apskatāma čiekuru kolekcija no visas pasaules. Vizuāli visiespaidīgākais eksponāts ir 1922. gadā atrasts 103 cm liela apkārtmēra milzu apaļpūpēdis.
Kronvalda bulvārī 4, 122. telpā atrodas ekspozīcijas un apmeklētāju zona, 120. telpā darbinieku darba vietas, 121. telpā speciālos apstākļos glabājas herbārijs.
Krājumu tuvāk var iepazīt, piedaloties ekskursijā “Ieskats Botānikas un mikoloģijas kolekcijas krājumā”, bet par orhideju dzimtu un to pētnieku Ernestu Foldātu var uzzināt, kā arī iemācīties locīt orhideju ziedu origami modeļus, nodarbībā “Origami orhideju modeļu locīšana” (gan klātienē, gan attālināti).
Botānikas un mikoloģijas kolekcijas atrodas bijušajā LU Bioloģijas fakultātes ēkā Kronvalda bulvārī 4, Rīgā, 122. telpā. Ieejot pa galvenajām ēkas durvīm, labajā pusē aiz durvīm ir kāpnes, 122. telpa atrodas 1. stāvā. Tālruņa numurs: 67034011. Apmeklējumam ir iepriekš jāpiesakās.